L-39C - (C viết tắt Cvičná - huấn luyện) phiên bản sản xuất tiêu chuẩn
L-39V - (V viết tắt Vlečná - tàu kéo) một chỗ ngồi target tug KT-04
L-39ZO - (Z viết tắt Zbraně - vũ khí) Một phiên bản tấn công hạng nhẹ với bốn mấu treo vũ khí và cấu trúc cánh được tăng cường
L-39ZA - Một phiên bản cải tiến của L-39ZO, sử dụng càng hạ cánh cứng, có tải trọng lớn và đáng kể nhất là súng máy hai nòng GSh-23L - 23mm gắn dưới khoang phi công, với 150 viên đạn.
L-39Z/ART - Phiên bản Thái Lan với hệ thống điện tử Elbit
L-39MS - Tên ban đầu của Không quân Tiệp Khắc của L-59
L-139 - L-39C cải tiến với hệ thống điện tử Phương Tây và động cơ Garrett TFE731-4.[1] Cất cánh lần đầu năm 1993. Chỉ ở dạng nguyên mẫu.
